Le conseil communautaire fonctionne, dans ses grands principes, comme un conseil municipal. La différence principale réside dans le mode de désignation des conseillers : ils sont élus au suffrage universel direct dans les communes, contrairement aux communautés. Les conseillers communautaires sont en effet désignés par les conseils municipaux. Chaque conseil municipal désigne ainsi "ses" conseillers communautaires, le nombre revenant à chaque commune étant fixé dans les statuts.
Si cette répartition est librement déterminée par les communes au moment de la création de la communauté d'agglomération, la loi fixe cependant deux conditions :

• chaque commune doit disposer d'au moins un siège
• une seule commune ne peut détenir plus de la moitié des sièges.

Compte tenu de ces contraintes et des accords passés entre les communes, le nombre de sièges a été arrêté, dans les statuts, à 35, répartis de la façon suivante entre les communes :

La durée du mandat des conseillers communautaires est égale à celle de leur mandat de conseiller municipal, soit jusqu’en mars 2008 (Loi n°2005-1563 du 15 décembre 2005 prolongeant la durée du mandat des conseillers municipaux).

Lors de la séance d’installation du conseil communautaire, le 13 janvier 2004, Claude Vulpian, Maire de Saint-Martin-de-Crau, a été élu à l’unanimité président de la communauté d’agglomération.

La communauté d’agglomération s’administre librement, dans le respect des dispositions législatives et réglementaires en vigueur : les affaires relevant de sa compétence font l’objet de délibérations débattues et adoptées par vote par les membres de l'assemblée délibérante : le conseil communautaire se réunit environ tous les deux mois, successivement dans chacune des communes membres. Les séances sont publiques.

Le bureau communautaire est composé du président et des 10 vice-présidents, chaque commune étant représentée. En tant que vice-présidents, les maires des 5 communes sont donc membres du bureau.
Le bureau se réunit aussi souvent que nécessaire. Son rôle est de donner un avis sur les dossiers déjà exposés en groupes de travail et d’en approuver la présentation au conseil communautaire. Le bureau exerce également des compétences déléguées par le conseil communautaire : il peut ainsi voter des délibérations.
Les séances du bureau ne sont pas publiques.

Des groupes de travail, composés d'élus de chaque commune, ont été constitués pour chacun des domaines de compétence de la communauté d'agglomération. Ils sont présidés par un vice-président et ont notamment pour fonction de préparer les décisions qui seront ensuite prises par le conseil communautaire.